Le 18 août 1955 la nouvelle se répandit au sujet d'un soulèvement de l'Armée contre les officiers originaires du Nord. De Torit, d'où cette rébellion était partie, le mouvement s'étendit aux autres régions du Sud du Pays: Equatoria, Bahr el Ghazal, Haut-Nil. Bientôt la police et les employés de l'administration se joignirent à la mutinerie et convertirent la révolte en un mouvement populaire.
Plus de 400 nordistes furent assassinés. Plusieurs, civils et militaires, trouvèrent asile dans les missions catholiques. Le Premier Ministre Ismail Azari reconnaîtra publiquement l'oeuvre humanitaire accomplie par les missionnaires en ces circonstances. La révolte échoua. Son chef, le sous-lieutenant Rinaldo, catholique, signa la reddition et la remise des armes. La répression de la part du gouvernement du Nord fut impitoyable. Rinaldo fut exécuté avec 342 autres sudistes. L'abbé Gabriel Dwatuka, fut arrêté le 1^er octobre 1955 et acheminé à la prison de Yambio. Voici son témoignage: "Comme j'entrai dans la cour de la prison, un sergent m'attrapa par le cou et me dit: "Chien de prêtre, tu sais qui je suis?" Il me frappa, puis il m'ordonna d'enlever mes vêtements. Il déchira ma soutane. Dans la poche de mon pantalon il y avait un rosaire, "Qu'est-ce que ceci?", Demanda-t-il. Est-ce avec cela que vous pervertissez le peuple?"
Il me le frappa si fort sur la tête, que les grains du rosaire se dispersèrent. Je tombai à terre. Puis il me frappa aux épaules et au dos. Avec des coups de pied, il me poussa à l'intérieur d'une cellule.
Je fus jeté sur le sol la face contre terre et attaché à un anneau fixé au sol, avec une corde attachée à mon cou. Le sergent me frappa encore, tandis que les soldats immobilisaient mes pieds.
Puis ils me mirent debout et me demandèrent de sauter avec mes pieds toujours liés. Un des soldats avait toujours le fusil braqué sur moi. Ils me jetèrent de nouveau à terre et me frappèrent avec un fouet. Puis ils partirent. L'un d'eux me gardait en disant: "chien, esclave de prêtre".
A la fin, ils me laissèrent seul. L'un resta cependant et urina sur mon visage et dans ma bouche. Puis il partit lui aussi. Peu après, le sergent revint, il me frappa et me fouetta encore. Il m'insultait: «Si vous, chiens, ne changez pas de religion, vous mourrez». Je n'espérais plus rien que mourir! Peu après, le sergent revint et me transféra dans la cellule Commune. Sur le chemin, il me fouetta et me poussa le manche de son fouet dans la bouche. Dans la cellule il y avait d'autres prisonniers, qu'il fouetta en criant: «Chiens d'esclaves! Vous devez savoir que tous vous n'êtes que de l'herbe sous nos pieds". Heureusement, le jour suivant mon Évêque Dominique Ferrara obtint ma libération".
Ayant perdu tout espoir d'accords futurs entre Nord et sud, beaucoup d'intellectuels du sud quittèrent le pays.
La fragile démocratie n'avait survécu qu'un peu plus de deux années. En novembre 1958, le général Ibrahim Abboud prit le pouvoir. Persuadé que le problème du sud était militaire plutôt que politique, il essaya d'étouffer toute idée fédéraliste par la force. Cela ne fit qu'augmenter la haine envers le nord et attiser une guerre civile qui fera un million de morts. Accusés d'avoir favorisé des idées séparatistes, spécialement à travers l'éducation, tous les missionnaires furent expulsés, en février 1964. Des lieux de prières furent détruits, beaucoup de chrétiens de valeur furent massacrés et de nombreuses communautés dispersées. L'Église catholique du Sud restait confiée à 31 prêtres soudanais qui, malgré intimidations et menaces de la part des autorités militaires, reprirent les activités pastorales. Voilà ce qu'un abbé soudanais écrivait en mars 1967 dans le journal «Afrique Nouvelle»: "J'ai passé cinq ans en prison. J'ai été arrêté en 1960 sous le gouvernement de Abboud et condamné à douze ans de prison. Période qui par après fut réduite à cinq. J'ai été relâché en janvier 1965. Maintenant les prêtres soudanais à l'extérieur sont dix-sept: cinq en Ouganda, neuf au Congo Kinshasa, dont sept ont été arrêtés par les autorités locales, trois en RCA. Contraints de quitter le Sud du Soudan, nous suivons nos chrétiens qui ont fui à cause des atrocités perpétrées par les troupes du gouvernement» .

Ali Archangel
Ali Konogo de l'ethnie Bai (Ndogo) était né à Rihan Tei, près de Kayango, en 1918. Il étudia d'abord au Petit Séminaire de Bussere puis au Grand Séminaire de Gulu (1939-1946). Il fut ordonné à Mboro le 27 octobre 1946. Un jour inoubliable pour Mboro, mais qui se termina tragiquement. Les chants et les danses étant finis, un homme fou de jalousie, armé de deux lances, entra au réfectoire où l'abbé Archangel et quatre missionnaires étaient en train de souper, et tua le curé, P. Angelo Arpe.
P. Archangel travailla quelques années à Dem Zubeir, Raga, Kwajok et Warap. Après l'érection du Vicariat apostolique de Rumbek, il exerça son ministère à Rumbek même et à Meridi.
C'est ici que commence le témoignage de l'abbé Jérôme Bidai, un survivant qui a vu et entendu tout ce qui est arrivé les jours suivants: "La nuit du 8 juillet 1965, des troupes en ordre de bataille attaquèrent la zone de Juba, où ils pensaient que se cachaient quelques rebelles. Ils détruisirent le quartier populaire Malakia, tuèrent 600 lépreux et malades incapables de s'échapper. Les morts furent au nombre de 2000 environ.
Le matin du 20 juillet, l'abbé Archangel n'était pas au petit déjeuner. A 14h00, il y eut un violent coup à la porte. Quand j'ouvris la porte et sortis dehors, je fus soudainement entouré par des soldats qui me menaçaient, l'arme au poing. Ils cherchaient les Anya-Nya et l'abbé Archangel. Les soldats envahirent les chambres, fouillant partout, brisant et dispersant tout ce qu'ils ne pouvaient pas emporter avec eux. Finalement, ils s'en allèrent.
Le lendemain matin, nous avons entendu des bruits des camions. Cinq camions chargés de militaires venaient vers la mission. Ils entourèrent les bâtiments … Ensuite j'entendis le ronflement des cars de l'armée retournant aux casernes. J'ai compris que l'abbé avait été exécuté. C'était le 21 juillet. Le 4 septembre je traversai la frontière congolaise après avoir parcouru 620 miles, en 44 jours".

Anywar Léopold
"C'est avec un profond chagrin que nous annonçons la mort de l'abbé Anywar Léopold, survenue en des circonstances obscures, le 9 novembre 1968. Il avait quitté le Soudan en 1962, et était venu travailler dans les diocèses d'Arua et Gulu, en Ouganda"
Le soir du 9 novembre 1967, il quitta Gulu dans la voiture du séminaire qui était chargée de nourriture et de vêtements pour les réfugiés. Avec lui, trois Soudanais: deux Lotuko et le chauffeur, de l'ethnie Mory.
A un carrefour près de Pauma (Palabek) le chauffeur eut l'idée de prendre un chemin à travers l'herbe. Ce fut une mauvaise manœuvre. Ils se retrouvèrent dans une cour, entourés de huttes Acholi. Le conducteur dut stopper: Les deux Lotuko descendirent et se dirigèrent vers les huttes pour demander une information. Il y avait quatre hommes assis, en train de boire qui, sans répondre, se dressèrent et s'emparèrent d'eux. Alors l'abbé Léopold dit au conducteur de revenir faire demi-tour et lui aussi descendit et se présenta lui-même en disant: «Je suis l'abbé Léo, et ceux-là sont mes amis. Laissez-les. En réponse, ils le prirent et se mirent à le frapper avec violence. Les deux Lotuko s'enfuirent. Grâce à un petit feu sur lequel une femme préparait de la pâte de maïs, le chauffeur vit les formes de quatre ou cinq personnes: deux maintenaient l'abbé par les bras tandis que les autres l'insultaient et le frappaient. Puis, il entendit deux coups de feu. Il prit alors le sac de l'abbé et les clés de la voiture et commença à courir vers Kitgum. Il y arriva le matin suivant.
En bus il put rejoindre la ville de Gulu, où il alla annoncer à la mission qu'on avait capturé l'abbé Léopold. Entre temps, vers 23h00, trois hommes apportèrent le corps du prêtre au sous-chef de Palabek, Erukana Otoo. Ils lui avaient tout enlevé, excepté le pantalon. Le sous-chef reconnut l'abbé et questionna ceux qui l'avaient porté. Ils essayèrent d'expliquer qu'ils l'avaient pris pour un voleur et qu'ils s'étaient défendus. Le sous-chef les arrêta.
Le jour suivant à 9h30 le sous-chef se rendit à la mission catholique de Palabek. On appela Cecilia, la sœur de l'abbé Léopold. Elle habitait dans un village voisin. Elle identifia tout de suite son frère tué. Le corps fut emmené à Kitgum. L'abbé Léopold fut enterré à Kitgum, près de la tombe de l'abbé Saturnin, le lundi 11 novembre.

Deng Barnaba
Barnaba Deng, fils d'Akec Kuac et Aluel Agoth était né à Atokuel, un petit village de mission de Kwajok (Bahr el Ghazal) vers la fin de 1935. Il appartenait aux Dinka Rek. Baptisé le 1^er juin 1947, à Kwajok. Il était séminariste lorsqu'il manifesta le désir d'entrer chez les comboniens. Après le noviciat (1957) et les études de théologie en Italie, il fut ordonné prêtre à Milan le 7 avril 1962, par le Cardinal Montini.
Le 23 août, Père Barnaba se trouvait à Wau. Puisque la ville était très calme, il emprunta une voiture pour aller visiter des familles et un malade. Il prit sa soutane. Comme d'habitude, Cyril, le boy de la maison l'accompagnait. Il se dirigea vers Aweil. Au croisement de l'aéroport, avant Khor Grinti, il aperçut un convoi militaire. Il fit demi-tour et arrêta la voiture hors de la route, attendant que les voitures militaires soient passées. A bord du sixième véhicule se trouvait Santino Deng, un Dinka qui avait épousé la cause des nordistes. Il reconnut le prêtre et dit aux militaires: «Voilà l'homme que vous avez cherché à Aweil ». Les soldats se saisirent de lui. P. Barnaba était calme et serein. Il demanda la permission de prendre sa soutane et de prier. Il l'enfila, fit le signe de la croix et se recueillit dans la prière tandis que les soldats armaient leurs fusils. «Si vous le voulez, je suis prêt», dit-il, regardant Santino. Un soldat se détacha des autres et de très près lui envoya une balle dans la tête.
Le Père tomba à la renverse. Le même soldat l'acheva de trois balles dans la poitrine. Il était 16h30, le 23 août1965. «Toi, dit Santino au garçon, va maintenant à la mission et dis leur que P. Barnaba est ici »

Lohure Saturnin
Lohure Hilangi Saturnin était né en 1921 à Oronyo, un grand village Lotuko à quelque 40 km de Torit, au Soudan du sud.
Lorsqu'il rentra en Ouganda vers la fin de 1966, il fut mis au courant d'un accord Kampala-Khartoum pour arrêter le flux de réfugiés et de rebelles soudanais vers l'Ouganda. Le 15 janvier 1967, les troupes établies à Jinja reçurent l'ordre de se déplacer vers la frontière soudanaise.
L'abbé Saturnin décida alors de rejoindre ses gens et de les informer.
Un témoin raconte: "Le soir du 21 janvier, il était affamé et fatigué. Ce samedi il avait déjà fait 80 km à vélo. Après un court repos, à 7h00, l'abbé Saturnin dit: "Je continue. Je dois rentrer au Soudan". Ses compagnons lui firent remarquer qu'il était dangereux de traverser la frontière à ce moment-là.  Il répondit qu'il considérait lâche de rester en sécurité tandis qu'eux allaient risquer leurs vies.
Tout d'un coup ils aperçurent une patrouille de soldats ougandais venant de Lokung. C'était trop tard. Un militaire leur ordonna d'avancer vers lui, "Vous êtes des espions", dit-il.
Il ordonna à l'abbé Saturnin et à ses deux compagnons de porter les bagages des soldats. Ils marchèrent pendant quelques heures. Ils sont revenus à l'endroit où ils avaient laissé leurs vélos et leurs affaires. A l'arrêt suivant, le commandant s'assit et but une bière. Il se leva et frappa trois fois l'abbé Saturnin à la tête. Arrivés près du torrent Alebi, à un mille de Lokung, les prisonniers reçurent l'ordre de s'asseoir l'un à côté de l'autre, la face tournée vers l'eau. L'abbé Saturnin comprit que c'était la fin. En fait, le caporal s'éloigna de quelques pas, comme s'il voulait les viser et les tuer tous ensemble. . L'abbé chuchota aux autres qu'il fallait agir avant que le commandant ne tire. Il se lança sur le militaire plus proche et le jeta à terre. Mais le soldat se libéra, prit son revolver et tirant sur la tête de l'abbé, il le tua. Les autres prisonniers disparurent dans les hautes herbes.

Obore Peter Oromo
Né à Tirangore, district de Torit. Ordonné prêtre le 9 août 1987. Curé de Loa/Nimule, diocèse de Torit. Assassiné le 24 novembre 2001, probablement par les rebelles de la LRA (Armée de Résistance du Seigneur). Il est tombé dans une embuscade sur la route entre Atiak et Bibia (district de Gulu), alors qu'il rentrait à Nimule à bord de sa voiture, après avoir participé à un séminaire d'études dans la capitale ougandaise. Après avoir tiré sur la voiture, les attaquants l'ont brûlée, avec l'abbé dedans.

Tué après la publication du livre

Obore Peter
Prêtre soudanais du Diocèse de Torit, a été assassiné le 24 novembre par des rebelles de "l’Armée de Résistance du Seigneur".
Le meurtre s’est produit sur la route qui va de Atiak à Bibia, alors qu’il voyageait dans une fourgonnette avec d’autres personnes. On ne sait pas ce qui est arrivé aux autres passagers. Le véhicule a été incendié. L’abbé Obore avait été ordonné prêtre en 1987 par Mgr Paride Taban.