Le 22 septembre 1993 la Conférence des Evêques du Burundi écrivait: "Pendant les dix dernières années, le Burundi a vécu dans une atmosphère de tension, qui devient de plus en plus inquiétante. Les événements de Ntega et de Marangara demandent que nous y regardions avec une sérieuse attention. Des milliers de morts, des milliers de sans-logis, des milliers de personnes qui n'ont plus de pays et d'avenir. Et dans la plupart des cas, ceux qui ont planifié et commis ces massacres sont des Chrétiens.
Ceux qui sont responsables pour les actes de répression les plus arbitraires sont des Chrétiens. Ceux qui ont continué à promouvoir, dans la clandestinité, une campagne de haine sont des Chrétiens. Ceux qui ont répandu la suspicion et les faux bruits et qui continuent de le faire sont des Chrétiens. Le cinquième commandement de Dieu ne peut être modifié ou changé: 'Tu ne tueras pas'. C'est la condition fondamentale nécessaire pour pouvoir vivre en société.
Il ne pourra jamais y avoir d'Eglise, mais seulement une caricature d'Eglise, tant que les Hutu et les Tutsi ne seront pas capables de chercher ensemble, sincèrement, les moyens pour une coexistence pacifique; tant que les prêtres hutu et tutsi, les Frères et les Religieuses ne seront pas capables d'avoir confiance les uns dans les autres en toute charité".
La situation sembla s'améliorer. En 1993, pour la première fois dans l'Histoire du Pays, un homme politique hutu se trouvait à la tête de l'Etat. Mais le 21 octobre 1993, un coup d'Etat militaire était monté. Le Président, Melchior Ndadaye et quelques-uns de ses Ministres furent emprisonnés, puis assassinés. «L'assassinat du premier Président démocratiquement élu ne pouvait pas manquer de provoquer une situation de bouleversement ethnique et politique. Les vieux démons de la haine et de la vengeance se réveillaient en prenant avantage des circonstances, et la nation était frappée par un tourbillon de violence féroce».
Les victimes de la violence à partir de 1993 ont été plus de 200.000. La Conférence Episcopale Burundaise parlait de 100.000 morts. Les réfugiés auraient été 1.000.000. On dit qu'il y aurait eu autant de hutu que de tutsi tués. Personne n'a été tenu responsable de ce massacre. Au cours des années suivantes la situation est demeurée toujours tendue. Des dizaines de milliers de personnes ont été tuées. La plupart des Evêques ont échappé à des attentats. Nombre de prêtres et de catéchistes ont été tués. Des églises et des succursales ont été attaquées et pillées, avec pour résultat la mort de nombreux paroissiens.
"La réponse de l'armée aux activités des groupes armés d'opposition à dominante hutu semble être principalement de tuer en représailles et sans discrimination la population qu'elle considère comme suspecte. Les tentatives visant à protéger les civils, quand elles existent, sont inefficaces ou entachées par la méfiance ou l'esprit de vengeance. Si la majorité du document d'Amnesty International est consacrée aux violations commises par, ou attribuées à, des membres des forces armées, ainsi qu'à la réaction, ou l'absence de réaction, du gouvernement et des autorités militaires, les exactions des groupes armés d'opposition sont également évoquées, de même que leur réponse face à ces violences.
En effet, entre novembre 1998 et mars 1999, les groupes armés d'opposition se sont aussi rendus coupables d'un très grand nombre d'atteintes aux droits fondamentaux, surtout d'homicides de civils.
Des soldats ont également été séquestrés et exécutés sommairement". Parmi les massacres les plus affreux, celui au Petit Séminaire de Buta, le matin du 30 avril 1997 avec 40 élèves tués et 26 gravement blessés.
"Le commandant de la troupe, nommé Anicet, ancien séminariste du Petit Séminaire de Mureke dans le diocèse de Ngozi et déserteur de l'Institut Supérieur des Cadres Militaires (ISCAM) est bien connu comme commandant des troupes armées du Comité National de la Défense de la Démocratie (CNDD) dans les zones de Gitongo, Rutegama... Ils détruisent sauvagement les vies des faibles et innocents: enfants, vieilles personnes, femmes, malades... En guise d'illustration, voici des scènes horribles: La même matinée de l'agression du Séminaire de Buta, ils ont brûlé un centre de santé, violé et empalé par le sexe l'infirmière; à ce même endroit ils ont tué huit vieilles femmes et un Pasteur Pentecôtiste"

Bitariho Maximilien  + 17.09.1995

Bivugire Anastase    + 07.07.1995

Hakizimana Sylvestre   + 01.03.1996

Havyarimana André    + 04.07.1995

Mpengekeze Yvon    + 06.06.1996

Ndayemeye Cyrille    + 24.10.1993

Nduwimana Zacharie    + 27.04.1995

Niyoyandemye Dieudonné    + 1993

Ntukamazina François    + 24.10.1993

Nyedetse Firmin    + 24.10.1993

Nzikobanyanka Pascal    + 14.05.2000

Ruhuna Joachim, Ev.   + 09.09.1996
Le matin du 9 septembre 1996, Mgr Ruhuna rentrait de Burasira, où il avait été vérifier l'état des travaux de réparation du Séminaire. Celui-ci avait été saccagé quelques mois auparavant par des bandes armées. En partant de Gitongo vers 16h30, la voiture a emprunté un raccourci débouchant sur la grand-route Ngozi-Gitega, sur la rivière Muba-razi, tout près de la Station Agro-nomique de l'Isabu de Murongwe.
Quelques minutes après, des coups de feu ont été entendus.
Alerté par des gens qui les avaient entendus, le diacre Cyrille Kamana se rendit à l'endroit de l'embuscade. "Chemin faisant, il a rencontré un jeune homme qui a accepté de l'accompagner. Ils ont trouvé la voiture en train de brûler. Dans la voiture se trouvaient l'Archevêque, la Sr. Irénée et Concessa. Ils constatèrent que l'Archevêque, criblé de plusieurs balles, était déjà décédé. La Sr. Irénée également était déjà morte. Concessa respirait encore. Comme il faisait tard, le diacre rentra à la paroisse pour informer le prêtre et les religieuses et demander secours au poste militaire de Mutaho.
Ce n'est qu'au matin que les secouristes sont arrivés à l'endroit de l'embuscade. Ils y ont trouvé la voiture calcinée. De l'Archevêque, de la Sr. Irénée, du chauffeur et des trois filles il n'y avait aucune trace. Un peu plus loin le cadavre de Concessa. Ce n'est qu'une semaine plus tard qu'on a retrouvés les cadavres enterrés dans un champ, sous des boutures de manioc fraîchement plantées.
Mgr Ruhuna était né a Gatonde, paroisse de Nyabikere, diocèse de Gitega, le 27 octobre 1933. Il fit ses études au Petit Séminaire de Mugera, au Grand Séminaire de Burasira et à l'Université Lovanium de Kinshasa. Ordonné prêtre le 18 septembre 1962. Bachelier en théologie en 1963.
Inspecteur diocésain des écoles en 1964. De 1966 à 1970, études à Rome, couronnées par le doctorat en théologie et la licence en philosophie. En 1970, il est nommé Recteur du Grand Séminaire interdiocésain de Bujumbura. Consacré évêque de Ruyigi le 21 septembre 1973. Le 6 novembre 1982 il succéda à Mgr André Makarakiza, Archevêque de Gitega.
Mgr Ruhuna avait été victime d'une autre attaque, sur la route Gitega-Bujumbura, le 6 septembre 1995.
Au cours de l'oraison funèbre prononcée le 23 juillet 1996, lors de l'enterrement de 341 victimes dans un camp de déplacés tutsi à Bugendana, Mgr. Ruhuna avait affirmé à l'adresse des assassins: "Vos crimes sont la honte de l'humanité". En outre il avait invité chacun à faire son examen de conscience: "Chers chrétiens, adultes et enfants, que chacun voie s'il ne participe pas au crime, soit par ses propos, ses actes, soit par tout autre comportement… Rompons avec le crime qui est en train de détruire le Pays". Une oraison funèbre jugée trop "évasive" par ceux qui s'attendaient à une dénonciation nette des auteurs du massacre. Mgr Ruhuna avait assisté aussi aux funérailles de 235 victimes hutu à Buhororo (début mai) qui, selon le ministre de la Défense "n'avaient pas droit à l'eau bénite de l'Archevêque de Gitega comme les victimes de Bugendana».
"Nous venons de perdre un homme de grande valeur. Un vrai 'mushingantahe', qui n'a jamais reculé devant les grands combats… Nous rappelons qu'il a accueilli, au début de cette crise, les déplacés de toutes les ethnies. Il a parcouru monts et vallées à la recherche des dispersés pour que ceux-ci regagnent leur domicile. Il a été l'homme miséricordieux, qui enseignait aux fidèles de son diocèse l'obligation de témoigner de la miséricorde et de la compassion dans toutes leurs activités".
Même s'il avait perdu sept membres de sa famille en 1993, dans sa prédication il a toujours encouragé le dialogue et la réconciliation. A ceux qui l'accusaient d'être "l'évêque du rosaire, des journées de prière, de veillés d'adoration", il répliquait: "Si les gens n'aiment pas Dieu, ils ne peuvent pas aimer leur prochain".
"Mgr Ruhuna a travaillé pour le dialogue et la fraternité. Il était un homme de l'évangile, il ne se mêlait pas de la politique. Malgré cela, il a été souvent menacé de mort, comme beaucoup d'autres gens d'Eglise au Burundi… Pour moi, Joachim Ruhuna a été un pasteur exceptionnel, qui a donné sa vie pour que nous ayons effectivement ce don de la paix qu'il implorait quotidiennement".

Rurangirwa Guido    + 09.09.1995

Samoya Basile    + 24.10.1993

Sinankwa Michel    + 21.08.1995

Tués après la publication du livre

Gérard Nzeyimana,

65 ans, Vicaire épiscopal du diocèse de Bururi, a été tué le 19 octobre 2004 alors que de Bujumbura il rentrait à Bururi en voiture, avec d’autres personnes. Des hommes armés ont arrêté la voiture et, après avoir volé tous les passagers, ils ont longuement contrôlé les documents du prêtre, puis ils l’ont tué de sang-froid, de plusieurs coups de feu à la tête. Les autres passagers ont été malmenés puis libérés. L‘abbé Gérard était bien connu pour son engagement en faveur de la paix et pour ses dénonciations contre les violences commises contre la population. (Fides 20/10/04) 

Koma Elie

Il a été tué à Bujumbura, le soir de samedi 4 février 2006. Jésuite, 59 ans.
Il se trouvait, avec sa voiture, tout près d’un bar dans la commune urbaine de Kanyosha, lorsque un groupe d’hommes armés ouvrit le feu contre le Major Edmond Ruguraguza, porte-parole adjoint de l’armée nationale, et son épouse.
Les assassins ont ensuite tiré contre les pneus de la voiture et tué le P. Koma avec cinq coups au dos. Ils voulaient sans doute éliminer un témoin de leur crime.
Responsable de l’église confiée aux Jésuites à Kamenge, un des quartiers les plus pauvres de la capitale, P. Koma était très actif dans l’activité pastorale et dans la direction des Exercices spirituels pour les familles religieuses et le mouvement marial. Il avait été ordonné prêtre en 1980 (Fides 6-7/2/2006).